Al terme de Bunyola hi ha constància de la presència del Myotragus Baleàricus , les restes del qual es trobaren mig fossibiltzades dins una cova o sima, l´any 1954, durant la construcció de la carretera de sa Comuna.
El municipi compta amb diverses restes prehistòriques entre les quals destaquen el talaiot circular de Coma-sema, que té habitacions adossades i és un dels més ben conservats que es troben a la muntanya; els dos de Son Palou, un d´ells situat dins les restes d´un poblat quadrangular; el del Pujol i els dos de s´Alqueria Blanca.
Les forografies són del Talaiot de Coma-sema.
De l´època romana són importants les restes de les mines de galena de Son Creus, conegudes popularment com sa Mina des Moros. Pel que fa a la època bizantina tan sols es té constància a partir de la troballa d´una llumeta, datada entre els segles VI i VIII dC, dins la mina de Son Creus, probablement s´utilitzar per il·luminar les mines. Durant el període islàmic el terme de Bunyola pertanyia al juz' de Bunyûla-Mûsû juntament amb Esporles, Valldemossa, Deià i part de Banyalbufar.
A partir del Llibre de Repartiment de Mallorca i altres documents posteriors a la conquesta (1232-1273) podem conèixer diversos assentaments andalusins dispersos. S´hi anomenen setze alqueries com Alfàbia, Beniadatz (o Barcelona), Beniatzar, Beniforani, Raxa, Lluch, Comasema, Aurient, entre altres. També apareixen rafals de menor superfície que les alqueries: Antigor, Margi, Montueri, Polenci,...
Durant la conquesta catalana les muntanyes de la serra nord de Mallorca, entre elles les de Bunyola, acolliren la resistència musulmana, que s´organitzà, sota les ordres de Xuaip, dins les coves i barraques. En arribar els catalans no respectaren la divisió administrativa de l´antic juz'andalusí i consideraren Bunyola i Valldemossa com a termes separats. En el repartiment, Bunyola corespongué al comte del Rosselló i de la Cerdanya, Nunó Sanç. Posteriorment passà a Jaume I de Mallorca i continuà en mans de la casa reial fins a la mort de Jaume III. La primera preocupació fou incentivar la repoblació, amb això es van dur a terme una sèrie de canvis; els conreus de regui passaren a ser conreus de cereals i oliveres. Per tant, el producte de més pes fou l´oli. La vinya, cultivada ja pels musulmans, tingué una continuació agrícola.
Durant els dos segles posteriors la vila va anant creixen en població, aquesta sota domini dels prohoms i senyors feudals de Bunyola. Així arribam al segle XV, destacable per l´alçament i la revolta
A l´estim general de 1578, la vila de Bunyola ocupava el vuitè lloc en la llista de riquesa dels 34 municipus de l´illa. Tenia a les hores uns 500 habitants. A finals de segle XIX, l´economia era pràcticament agrària i estructurada en grans possessions, que determinà, a la fi del s XIX i principis del XX, la consolidació d´un caciquisme social i polític. La Segona República, creà uin marc favorable a les forces progressistes, però l´estructuració social no fou alterada i contu¡inuà l´aclaparador domini de la dreta. Les eleccions de 1936 foren un triomf local de la dreta altre cop, però la victòria del Front Popular determinà el nomenament d´una Comissió Gestora integrada per membres de l´Esquerra Republicana i del PSOE.
Durant les dècades dels 50 i 60 es promoguè la canalització de l´aigua potable i s´establí la xarxa de clavegueram. Quan acaba la dictadura del General Franco, Bunyola continua sent un poble on la dreta té més emprenta. Un partit anomenat Candidatura Independent de Bunyola (CIB) guanyà les primeres eleccions democràtiques. Avui en dia governa un partit d´independents, Entesa d´Independents.